La temporada 1998-99 de la Gamma Ethniki fue la 16.ª desde el establecimiento oficial de la tercera división del fútbol griego en 1983. Egaleo y Olympiacos Volos se coronaron campeones en el Grupo Sur y Norte respectivamente, logrando así el ascenso a la Beta Ethniki . [1] Panegialios y Naoussa también lograron el ascenso como subcampeones de los grupos. [1]
Levadiakos , Rethymniakos , Panargiakos , Achaiki , Aiolikos , Aetos Skydra , Preveza , Ampelokipi, Kastoria y Doxa Drama fueron relegados a Delta Ethniki . [1]