La temporada 1998-99 fue la undécima temporada de la ECHL . Antes del inicio de la temporada, la liga vio a los Louisville RiverFrogs mudarse a Miami, Florida y los Raleigh Icecaps mudarse a Augusta, Georgia, además de dar la bienvenida a dos nuevas franquicias en Estero, Florida y Greenville, Carolina del Sur . Los Pee Dee Pride terminaron primeros en la general de la temporada regular, ganando la Copa Brabham y los Mississippi Sea Wolves ganaron su primera Copa Kelly al derrotar a los Richmond Renegades cuatro juegos a tres.
Nota: GP = Partidos jugados; G = Victorias; P = Derrotas; T = Empates; GF = Goles a favor; GA = Goles en contra; Pts = Puntos; Sombra verde = Lugar asegurado en los playoffs; Sombra azul = División asegurada; (z) = Ventaja de local asegurada