La Copa del Rey 1998-99 fue la 97.ª edición de la Copa del Rey .
La competición comenzó el 1 de septiembre de 1998 y concluyó el 26 de mayo de 1999 con la Final, celebrada en el Estadio La Cartuja de Sevilla.
Segunda ronda [24 de septiembre; 7 de octubre]
Cuarta ronda [16 de diciembre; 13 de enero]
