La temporada de 1991 fue la 71.ª temporada de fútbol competitivo en Estonia y la última en el país báltico como parte de la Unión Soviética . El campeonato comenzó en la primavera de 1991. En la Primera División o Premier League (" Meistriliiga ") participaron trece equipos, en la Segunda División (" Esiliiga ") doce equipos. La Tercera División jugó en grupos regionales seguidos de un play-off de ascenso al finalizar la fase de grupos.