La temporada 1979-80 fue la 65ª temporada de la Isthmian League , una competición de fútbol inglesa .
Al final de la temporada anterior se creó la Alliance Premier League . Como resultado, los clubes de la Isthmian League perdieron la posibilidad de participar en las elecciones a la Football League, ya que solo pueden postularse los clubes mejor clasificados de la Alliance Premier League que cumplieron con los requisitos de la Football League . La Liga Istmiana se negó a participar en la formación de la nueva liga. No hubo ascenso de la Isthmian League a la Alliance Premier League hasta 1985.
La Premier Division estaba formada por 22 clubes, incluidos 20 clubes de la temporada anterior y dos clubes nuevos, ascendidos desde la Primera División:
La Primera División estaba formada por 22 clubes, incluidos 18 clubes de la temporada anterior y tres clubes nuevos:
Un club descendió de la Primera División:
Leytonstone también descendió de la Premier Division al final de la temporada anterior y se fusionó con Ilford para crear el nuevo club Leytonstone & Ilford , por lo que St Albans City fue indultado.
Dos clubes ascendidos de la Segunda División:
Segunda División estaba formada por 19 clubes, incluidos 16 clubes de la temporada anterior y tres equipos nuevos:
Antes de la temporada, Southall & Ealing Borough cambiaron de nombre a Southall.