La Copa de Campeones de América de 1961 fue la segunda edición de la competición, el torneo de fútbol más importante de Sudamérica . Participaron nueve equipos, dos más que en la temporada anterior, y Venezuela no envió un representante. Para potenciar aún más la competición, la CONMEBOL mantuvo el criterio de realizar enfrentamientos regionales para aprovechar las rivalidades transfronterizas.
Aunque Peñarol también ganó su liga nacional, esta fue la primera y, hasta ahora, única vez que los campeones defensores no clasificaron automáticamente a la próxima edición. Sin embargo, los Manyas defendieron con éxito su título al derrotar a Palmeiras en la final.
Cada enfrentamiento fue una fase de grupos de dos equipos. Debido al aumento de participantes, se implementó un grupo preliminar en la competencia, y el resto siguió el formato de la temporada anterior. Las victorias otorgaban dos puntos, un punto por empate y ningún punto por derrota. El equipo con más puntos después de un partido de ida y vuelta avanzaba a la siguiente fase.
Si los equipos seguían empatados, la diferencia de goles se convertía en un factor. Se implementaría un desempate a un partido en caso de que los equipos siguieran empatados. El sorteo se convertiría en la última solución para desempatar. Polémicamente, Independiente Santa Fe y Jorge Wilstermann empataron en puntos, lo que hubiera requerido un desempate; sin embargo, la CONMEBOL descartó la idea y decidió que el último cupo a semifinales se otorgaría por sorteo, que ganarían los colombianos.
Olimpia empató 2-2 con Colo-Colo en el global de puntos. Olimpia avanzó a semifinales por mejor diferencia de goles.
Peñarol empató 2-2 con Universitario en el global de puntos. Peñarol avanzó a semifinales gracias a una mejor diferencia de goles.
Independiente Santa Fe empató 2-2 con Jorge Wilstermann en el global de puntos y diferencia de goles. No se disputó un desempate para determinar el ganador. Independiente Santa Fe avanzó a semifinales tras un sorteo.
Cuatro equipos fueron sorteados en dos grupos de dos equipos cada uno. En cada grupo, los equipos jugaron entre sí en partidos de ida y vuelta. El mejor equipo de cada grupo avanzó a la final.
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