La Tercera División 1945-46 fue la décima edición de la tercera división española. La competición se dividió en 3 fases.
La división comprendía 100 clubes en 10 grupos geográficos. Los 3 mejores clubes de cada grupo (30 en total) avanzaban a la Segunda Fase. La Segunda Fase comprendía 5 grupos de 6 clubes, cada uno de los cuales jugaba 10 partidos. Los 5 ganadores de grupo avanzaban a la Fase Final, un grupo de 5 clubes, cada uno de los cuales jugaba 8 partidos. Los dos mejores equipos ascendían a la Segunda División y el equipo que ocupaba el tercer puesto jugaba contra el equipo que ocupaba el 12.º puesto de la Segunda División.
Entre Cádiz y Tetuán se disputó un partido para clasificarse a este grupo, el Cádiz ascendió.
Nota: El Baracaldo ascendió a Segunda División.