La 13.ª Flotilla de submarinos ( en alemán : 13. Unterseebootsflottille ) fue una unidad de submarinos de la Kriegsmarine de la Segunda Guerra Mundial estacionada en Trondheim , Noruega . El emblema de la unidad era una cruz con un barco vikingo en el medio.
En 1941 se inició la construcción de la base de submarinos DORA 1 en Trondheim. Dos años más tarde, en junio de 1943, la base pasó a manos del comandante de la flotilla, el capitán de corbeta (más tarde capitán de fragata ) Rolf Rüggeberg. La 13.ª flotilla de submarinos era una unidad de primera línea en la que estuvieron presentes un total de 55 submarinos del tipo VIIC y VIIC/41 hasta el final de la guerra en mayo de 1945.