La Scottish Junior Cup 2006-07 fue una competición de fútbol juvenil escocés . Linlithgow Rose la ganó por tercera vez tras derrotar a Kelty Hearts por 2-1 en la final.
Según un nuevo cambio de reglas, los ganadores de la Copa Junior (junto con los ganadores de las ligas regionales Norte , Este y Oeste ) califican para la Copa Escocesa senior ; por lo tanto, Linlithgow Rose compitió en la Copa Escocesa 2007-08 .
Estos encuentros estaban previstos para el sábado 30 de septiembre de 2006.
Estos encuentros estaban previstos para el sábado 4 de noviembre de 2006.
Estos encuentros estaban previstos para el sábado 2 de diciembre de 2006.
Estos encuentros estaban previstos para el sábado 13 de enero de 2007.
Estos encuentros estaban previstos para el sábado 10 de febrero de 2007.
Estos partidos se jugaron el sábado 10 de marzo de 2007.
Estos partidos se jugaron el 13 y el 20 de abril, respectivamente.
La final tuvo lugar el 3 de junio de 2007.