En 1998, es reelegido para el segundo mandato con el 54 % de los votos contra el 33 % del demócrata Peter Vallone.
Finalmente, en 2002, fue reelegido para un tercer mandato con el 49% de los votos frente al 33% del demócrata Carl McCall y el 14% del candidato independiente Tom Golisano.
Durante su mandato, Pataki realizó numerosos recortes en el gasto público en educación y sanidad, aunque fue autor de un proyecto de ley que establecía la cobertura médica para los más desfavorecidos.
En 2008, George Pataki fue considerado como uno de los posibles candidatos del Partido Republicano para las elecciones presidenciales.
George Pataki, un conservador moderado, está a favor del derecho al aborto , ciertos derechos de los homosexuales y la pena de muerte.