Fue fundado como una compañía terrateniente en 1865, dentro del consorcio ferroviario Central Pacific.
Con el tiempo, las millas totales que cubría el sistema ferroviario de la Southern Pacific cambiaron significativamente a través de los años.
En 1929, el sistema contaba con 22.286 kilómetros de vías férreas (en contraste con los 14.470 kilómetros de vías férreas en 1994).
En 1900, el Southern Pacific se había convertido en un gran sistema ferroviario que incorporaba a compañías más pequeñas, como la "Texas and New Orleans Railroad", "Morgan's Louisiana and Texas Railroad" o "Saint Louis and Southwestern", más conocida como "Cotton Belt".
Tras varios años de problemas financieros, el Southern Pacific fue adquirido por la "Union Pacific Railroad" en 1996, tomando posesión del ferrocarril el 11 de septiembre del mismo año.