También es conocida por sus sustanciales contribuciones a la teoría evolutiva humana.
Entre sus obras sobre primatología y conservación se incluye Lucy's Legacy: Sex and Intelligence in Human Evolution que ganó el Professional/Scholarly Publishing Award de la Asociación Americana de Editores en 1999.
[6] Jolly comenzó a estudiar el comportamiento de los lémures en la Reserva Berenty en 1963.
Sus estudios se han centrado en la demografía del lémur de cola anillada (Lemur catta), su variedad y sobre todo su comportamiento intergrupal y territorial.
[9] Entre su bibliografía científica se encuentran títulos como Lemur Behavior: A Madagascar Field Study y Lucy’s Legacy: Sex and Intelligence in Human Evolution,[10] y entre sus trabajos no técnicos escribió, entre otros, Madagascar: A World out of Time y Lords & Lemurs: Mad Scientists, Kings With Spears, and the Survival of Diversity in Madagascar.