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Steven Salzberg

Steven Lloyd Salzberg (nacido en 1960) es un biólogo computacional e informático estadounidense que es Profesor Distinguido Bloomberg de Ingeniería Biomédica, Ciencias de la Computación y Bioestadística en la Universidad Johns Hopkins , donde también es Director del Centro de Biología Computacional.

Temprana edad y educación

Salzberg nació en 1960 como uno de los cuatro hijos de Herman Salzberg, un distinguido profesor emérito de psicología, y Adele Salzberg, una maestra de escuela jubilada. [9] Salzberg realizó sus estudios universitarios en la Universidad de Yale, donde recibió su licenciatura en inglés en 1980. En 1981 regresó a Yale y recibió su Maestría en Ciencias y Maestría en Filosofía en Ciencias de la Computación en 1982 y 1984. , respectivamente. Después de varios años en una nueva empresa, se matriculó en la Universidad de Harvard , donde obtuvo un doctorado. en Ciencias de la Computación en 1989. [10]

Carrera

Después de obtener su título universitario, trabajó para una compañía eléctrica local en Carolina del Sur , donde adquirió experiencia en programación utilizando mainframe IBM . [11] También aprendió COBOL e IBM Assembler. Luego se unió a una startup de IA con sede en Boston al finalizar su maestría en Ciencias de la Computación. [11]

Después de obtener su doctorado, Salzberg se unió a la Universidad Johns Hopkins como profesor asistente en el Departamento de Ciencias de la Computación y fue ascendido a profesor asociado en 1997. De 1998 a 2005, fue jefe del departamento de Bioinformática del Instituto de Genomic Research , uno de los centros de secuenciación del genoma más grandes del mundo. Luego, Salzberg se unió al Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Maryland, College Park , donde fue profesor Horvitz de Ciencias de la Computación y director del Centro de Bioinformática y Biología Computacional. En 2011, Salzberg regresó a la Universidad Johns Hopkins como profesor en el Departamento de Medicina. Desde 2014 fue profesor del Departamento de Ingeniería Biomédica de la Facultad de Medicina; el Departamento de Ciencias de la Computación de la Escuela de Ingeniería Whiting; y en el Departamento de Bioestadística de la Escuela de Salud Pública Bloomberg. [8] [12] [13]

En 2013, Salzberg ganó el premio Benjamin Franklin [14] en bioinformática .

En marzo de 2015, fue nombrado Profesor Distinguido Bloomberg en la Universidad Johns Hopkins por sus logros como investigador interdisciplinario y su excelencia en la enseñanza a la próxima generación de académicos. [15] Las Cátedras Distinguidas Bloomberg se establecieron en 2013 gracias a una donación de Michael Bloomberg . [16] Salzberg ocupa cargos conjuntos en la Escuela de Ingeniería Whiting de Johns Hopkins , la Escuela de Medicina de Johns Hopkins y la Escuela de Salud Pública Bloomberg de Johns Hopkins .

Investigación

Salzberg ha sido un destacado científico en el campo de la bioinformática y la biología computacional desde los años 1990. Ha hecho muchas contribuciones a los algoritmos de búsqueda de genes , en particular el programa GLIMMER [17] para la búsqueda de genes bacterianos, así como varios programas relacionados para encontrar genes en animales, plantas y otros organismos. También ha sido un líder en la investigación del ensamblaje del genoma y ha liderado el ensamblaje de docenas de genomas, tanto grandes como pequeños. Participó en el proyecto del genoma humano [18], así como en muchos otros proyectos sobre el genoma, incluido el genoma de la malaria ( Plasmodium falciparum ) y el genoma de la planta modelo Arabidopsis thaliana . En 2001-2002, él y sus colegas secuenciaron el ántrax que se utilizó en los ataques con ántrax de 2001 . Publicaron sus resultados en la revista Science en 2002. [19] Estos hallazgos ayudaron al FBI a rastrear la fuente de los ataques hasta un solo vial en Ft. Detrick en Frederick, Maryland.

Salzberg, junto con David Lipman y Lone Simonsen, iniciaron el Proyecto de secuenciación del genoma de la influenza en 2003, un proyecto para secuenciar y poner a disposición los genomas de miles de aislados del virus de la influenza. [20] [21]

Poco después de la llegada de la secuenciación de próxima generación (NGS) a mediados de la década de 2000, el laboratorio de investigación de Salzberg y sus colaboradores desarrollaron un conjunto de programas precisos y altamente eficientes para el alineamiento de secuencias NGS con genomas grandes y para el ensamblaje de secuencias de RNA-Seq. experimentos. Estos incluyen la suite "Tuxedo", que comprende los programas Bowtie , TopHat y Cufflinks, que han sido citados decenas de miles de veces en los años transcurridos desde su publicación.

Salzberg también ha sido un firme defensor de la pseudociencia y ha escrito editoriales y aparecido en medios impresos sobre este tema. Desde 2010 escribe una columna en la revista Forbes [22] sobre ciencia, medicina y pseudociencia, donde ha publicado cientos de artículos que han recibido decenas de millones de visitas. Su trabajo en Forbes ganó el Premio Robert P. Balles de Pensamiento Crítico 2012. [23]

Salzberg fue miembro fundador del Grupo de Trabajo de Cambridge en 2014, que se creó para expresar alarma en la comunidad científica por la creación de virus altamente transmisibles y contagiosos (también llamados investigación de ganancia de función ) y la probabilidad de una liberación accidental en el laboratorio. . [24]

Publicaciones

Salzberg es autor o coautor de más de 300 publicaciones científicas. [25] Tiene más de 300.000 citas en Google Scholar y un índice h de 159. [26] En 2014 y cada año desde entonces (al menos hasta 2022), Salzberg fue seleccionado para su inclusión en HighlyCited.com, una clasificación compilada por el Instituto de Información Científica de científicos que se encuentran entre el 1% más citado por su campo temático durante los diez años anteriores. También fue elegido para esta lista cuando se creó por primera vez en 2001. Esta lista de investigadores altamente citados continúa bajo Clarivate , y Salzberg también se incluyó en la lista en 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 y 2023. [27]

Artículos muy citados (más de 10.000 citas)

Premios

Referencias

  1. ^ ab Steven Salzberg en el Proyecto de genealogía de matemáticas
  2. ^ Mullins, J.; Morrison Mckay, B. (2011). "La Sociedad Internacional de Biología Computacional honra a Michael Ashburner y Olga Troyanskaya con los mejores premios en bioinformática y biología computacional de 2011". PLOS Biología Computacional . 7 (6): e1002081. Código Bib : 2011PLSCB...7E2081M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC  3107244 .
  3. ^ Salzberg, SL; Delcher, AL; Kasif, S.; Blanco, O. (1998). "Identificación de genes microbianos mediante modelos de Markov interpolados". Investigación de ácidos nucleicos . 26 (2): 544–548. doi :10.1093/nar/26.2.544. PMC 147303 . PMID  9421513. 
  4. ^ Delcher, AL; Kasif, S.; Fleischmann, RD; Peterson, J.; Blanco, O.; Salzberg, SL (1999). "Alineación de genomas completos". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (11): 2369–2376. doi :10.1093/nar/27.11.2369. PMC 148804 . PMID  10325427. 
  5. ^ Verano, DD; Delcher, AL; Salzberg, SL; Pop, M. (2007). "Minimus: un ensamblador de genoma rápido y ligero". Bioinformática BMC . 8 : 64. doi : 10.1186/1471-2105-8-64 . PMC 1821043 . PMID  17324286. 
  6. ^ Langmead, B.; Trapnell, C.; Papá, M.; Salzberg, SL (2009). "Alineamiento ultrarrápido y con memoria eficiente de secuencias cortas de ADN con el genoma humano". Biología del genoma . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID  19261174. 
  7. ^ Trapnell, C.; Pachter, L .; Salzberg, SL (2009). "TopHat: Descubriendo uniones de empalme con RNA-Seq". Bioinformática . 25 (9): 1105-1111. doi : 10.1093/bioinformática/btp120. PMC 2672628 . PMID  19289445. 
  8. ^ ab ccb.jhu.edu Breve biosketch
  9. ^ "Steven Salzberg: breve biografía". Laboratorio de Salzberg . 21/02/2015 . Consultado el 3 de junio de 2021 .
  10. ^ Salzberg, Steven Lloyd (1989). Aprendizaje con ejemplos generalizados anidados (tesis doctoral). Universidad Harvard. ProQuest  303755625.
  11. ^ ab Fogg, Cristina; Kovats, Diane; Shamir, Ron (29 de octubre de 2021). "Logros del ISCB 2020 otorgados por un premio científico senior: Steven Salzberg". Académico de Oxford . Consultado el 26 de julio de 2023 .
  12. ^ Editorial sobre la evolución y la gripe, Philadelphia Inquirer
  13. ^ "Cátedras distinguidas de Bloomberg | Steven Salzberg". Oficina de Investigación de Johns Hopkins . 9 de septiembre de 2016.
  14. ^ "Steven Salzberg sobre genomas microbianos, acceso abierto, vacunas contra la gripe y patentes genéticas".
  15. ^ "Con las Cátedras Distinguidas de Bloomberg, Johns Hopkins tiene como objetivo fomentar la colaboración entre especialidades en 2014". 2014-02-17.
  16. ^ "Michael R. Bloomberg compromete 350 millones de dólares a Johns Hopkins para la iniciativa académica transformadora 2013".
  17. ^ Delcher, A.; Armon, D.; Kasif, S.; Blanco, O.; Salzberg, S. (1999). "Identificación de genes microbianos mejorada con GLIMMER". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (23): 4636–4641. doi : 10.1093/nar/27.23.4636. PMC 148753 . PMID  10556321. 
  18. ^ Venter, JC ; Adams, M.; Myers, E.; Li, P.; Mural, R.; Sutton, G.; Smith, H.; Yandell, M.; Evans, C.; Holt, RA; Gocayne, JD; Amanátides, P.; Ballew, RM; Huson, DH; Wortman, JR; Zhang, Q.; Kodira, CD; Zheng, XH; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, PD; Zhang, J.; Gabor Miklos, GL; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, AG; Nadeau, J.; McKusick, Virginia; et al. (2001). "La secuencia del genoma humano". Ciencia . 291 (5507): 1304-1351. Código Bib : 2001 Ciencia... 291.1304V. doi : 10.1126/ciencia.1058040 . PMID  11181995.
  19. ^ Leer, TD; Salzberg, S.; Papá, M.; Shumway, M.; Umayam, L.; Jiang, L.; Holtzapple, E.; Busch, J.; Smith, K.; Schupp, JM; Salomón, D.; Keim, P.; Fraser, CM (2002). "Secuenciación comparativa del genoma para el descubrimiento de nuevos polimorfismos en Bacillus anthracis". Ciencia . 296 (5575): 2028-2033. Código Bib : 2002 Ciencia... 296.2028R. doi : 10.1126/ciencia.1071837 . PMID  12004073. S2CID  15470665.
  20. ^ Ghedin, E.; Sengamalay, NA; Shumway, M.; Zaborsky, J.; Feldblyum, T.; Subbu, V.; Spiro, DJ; Sitz, J.; Koo, H.; Bolotov, P.; Dernovoy, D.; Tatusova, T.; Bao, Y.; San Jorge, K.; Taylor, J.; Lipman, DJ; Fraser, CM; Taubenberger, JK; Salzberg, SL (2005). "La secuenciación a gran escala de la influenza humana revela la naturaleza dinámica de la evolución del genoma viral". Naturaleza . 437 (7062): 1162-1166. Código Bib : 2005Natur.437.1162G. doi : 10.1038/naturaleza04239 . PMID  16208317.
  21. ^ Holmes, CE; Ghedin, E.; Molinero, N.; Taylor, J.; Bao, Y.; San Jorge, K.; Grenfell, BT; Salzberg, SL; Fraser, CM; Lipman, DJ; Taubenberger, JK (2005). "El análisis del genoma completo del virus de la influenza A humana revela múltiples linajes persistentes y recombinación entre los virus H3N2 recientes". Más biología . 3 (9): e300. doi : 10.1371/journal.pbio.0030300 . PMC 1180517 . PMID  16026181. 
  22. ^ Columna de Salzberg en Forbes
  23. ^ "Los autores escépticos Steven Salzberg y Joe Nickell recibirán el premio Balles en pensamiento crítico". 14 de junio de 2013.
  24. ^ Panadero, Nicholson. (4 de enero de 2021). "La hipótesis de la fuga de laboratorio Durante décadas, los científicos han estado conectando virus con la esperanza de prevenir una pandemia, no causarla. Pero ¿y si...?". Revista Nueva York Consultado el 18 de enero de 2021.
  25. ^ "Steven Salzberg, Ph.D., profesor de ingeniería biomédica". Medicina Johns Hopkins . Consultado el 3 de junio de 2021 .
  26. ^ "Steven Salzberg". académico.google.com . Consultado el 3 de junio de 2021 .
  27. ^ "Investigadores altamente citados". publons.com . Consultado el 3 de junio de 2021 .
  28. ^ "Steven Salzberg, Ph.D., profesor de ingeniería biomédica". Medicina Johns Hopkins . Consultado el 4 de mayo de 2021 .

enlaces externos

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