Tras la conclusión del tour Dead to the World en septiembre de 1997, la banda se trasladó a Burbank, California, Estados Unidos.[10] Luego de analizar algunas pistas, Corgan le aconsejó al grupo: "esta es definitivamente la dirección correcta, pero si vas a realizar esto, se debe seguir este camino".[10] Para esta producción la banda decidió trabajar con Michael Beinhorn y Sean Beavan, los productores principales.[8] Beinhorn ya trabajó con otros artistas destacados como Ozzy Osbourne, Soundgarden, Red Hot Chili Peppers, entre otros y recién terminaba labores en otra producción, mientras que Beavan suministró algunos trabajos adicionales.[12] Manson afirmó: "Después de pasar por todo lo realizado en los últimos dos años, es casi como Eduardo Manostijeras o E.T., el extraterrestre.Alguien que se siente como si estuviera en el lugar equivocado".[12] El final de las mezclas y la posproducción se llevó a cabo en un estudio situado en Burbank, California, Estados Unidos.El primero trata sobre un alienígena llamado "Omega"[14][15] que luego de caer al planeta tierra es capturado y posteriormente incluido en una banda de rock llamada Mechanical Animals.[15] Manson se convierte definitivamente en un producto estrella, sumergido en la fama y las drogas.Mientras que el otro personaje denominado "Alpha"[15] se basa en sí mismo y sus experiencias vividas, algo relativamente parecido a la época vivida en Antichrist Superstar;[15] es un ser vulnerable e intenta utilizar sus emociones de una manera adecuada.Fue una sátira, y la gran mayoría de la gente lo interpretó como 'esto es lo que realmente es'.[17] Según las palabras del propio Manson, este material hace parte de una trilogía que comienza por Antichrist Superstar y termina en Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death).La mayoría de las pistas musicales contienen melodías más ligeras, sin embargo, esta "ligereza" no se extiende necesariamente a la letra.[21] La foto de la portada muestra a Manson convertido en un alienígena con el pecho descubierto y los genitales cubiertos con aerógrafo.[24] El álbum describe una gran cantidad de simbolismos y mensajes ocultos.[29] Sin embargo, el batería Ginger Fish se enfermó de mononucleosis infecciosa,[29] esto condujo a la cancelación definitiva del tour europeo.[29] Solo hasta el 26 de octubre se reanudó la gira comenzando en Lawrence (Kansas).
