Hopfner aplicó para el puesto de Director del Bayern Múnich e.V.
Más tarde se convertiría en el Director del FC Bayern München Sport-Werbe GmbH y, finalmente, a partir de 2002, un miembro de la Vorstand del FC Bayern München AG.
Hopfner estuvo a cargo de las finanzas durante su estancia en la Vorstand del Bayern, y previó dejar el club al final del 2012 debido a razones de salud.
Tras la renuncia de Uli Hoeness, Hopfner fue anunciado como el candidato a convertirse en el nuevo presidente del FC Bayern München eV.
La elección se llevó a cabo el 2 de mayo de 2014 en la junta general extraordinaria, trayendo a Hopfner como presidente del club.