Gregorio VI de Cilicia ( en armenio : Գրիգոր Զ. Ապիրատ ; también Gregorio VI Apiratsi o Grigor VI Apirat ) fue el Catholicos de la Iglesia armenia desde 1194 hasta 1203, con sede en Sis . En 1198, proclamó la unión entre Roma y la Iglesia armenia.
Gregorio VI era sobrino de Gregorio III de Cilicia y de Nerses IV el Gracioso . Era partidario de los latinos y había sido nominado por el príncipe Levon I de Armenia (el futuro rey Levon I), debido a la necesidad de una alianza. Sin embargo, esta elección creó un cisma en la Iglesia armenia y se eligió a un antipatriarca rival en la Gran Armenia .
Sin embargo, el anuncio de unión de Gregorio no fue seguido en hechos, ya que el clero local y la población se opusieron firmemente a él.
Cuando Levon, señor de Cilicia, pidió al Papa y al Emperador que se le reconociera como rey, puso como condición que la Iglesia armenia se uniera al rito romano. Aceptó formalmente la unión, pero tampoco tuvo efecto porque el clero armenio se opuso firmemente a ella y nunca aceptó la doctrina de la doble naturaleza de Cristo. Gregorio VI lo coronó rey de Armenia en 1198/1199 y comenzó el reino armenio de Cilicia.