En la nomenclatura procariota , Candidatus (abreviado Ca .; en latín, " candidato a un cargo romano") se utiliza para nombrar a los taxones procariotas que están bien caracterizados pero aún no se han cultivado . [1] Los enfoques de secuenciación contemporáneos, como la secuenciación del ARN ribosómico 16S o la metagenómica , proporcionan mucha información sobre los organismos analizados y, por lo tanto, permiten identificar y caracterizar especies individuales. Sin embargo, la mayoría de las especies procariotas siguen siendo incultivables y, por lo tanto, inaccesibles para una caracterización adicional en el estudio in vitro . Los recientes descubrimientos de una multitud de taxones candidatos han llevado a la radiación de filos candidatos a expandir el árbol de la vida a través de los nuevos conocimientos sobre la diversidad bacteriana.
El Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas (ICNP) inicial , así como las revisiones anteriores, no tuvieron en cuenta la posibilidad de identificar procariotas que aún no eran cultivables. Por lo tanto, el término Candidatus se propuso en el contexto de una conferencia del Comité Internacional de Sistemática de Procariotas (ICSP, anteriormente Comité Internacional de Bacteriología Sistemática) en 1994 para iniciar la revisión del código. [2] Debido al creciente número de taxones de Candidatus asociado con los avances en curso de las tecnologías de secuenciación, el ICSP adoptó el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas en 1996 agregando un apéndice para los taxones de Candidatus [3] (Apéndice 11 en la versión más reciente [4] ). Sin embargo, la nomenclatura de los taxones de Candidatus aún no está cubierta por las reglas generales del Código Procariota, lo que lleva a discusiones y propuestas en curso para cambiar el código actual con el fin de otorgar prioridad a los taxones de Candidatus . [5] [6]
Actualmente, el estatus provisional de “ Candidatus ” puede utilizarse si se proporciona la siguiente información: [ cita requerida ]
- Información genómica [...] para determinar la posición filogenética del organismo.
- Toda la información disponible hasta el momento en:
- Estructura y morfología
- fisiología y metabolismo
- Características reproductivas
- el entorno natural en el que el organismo puede ser identificado y
- cualquier otra información disponible y adecuada. [4] : Apéndice 11
El nombre de la especie de un organismo en el estado de Candidatus consiste en la palabra Candidatus , seguida de un nombre de género con un epíteto específico, o solo un nombre de género, o solo un epíteto específico. Los ejemplos incluyen Candidatus Liberobacter asiaticum ; Candidatus magnetobacterium ; Candidatus intracellularis . La Comisión Judicial del ICSP mantiene una lista de todos los taxones de Candidatus (una Lista Candidatus ) en cooperación con el consejo editorial del IJSEM y se actualiza en intervalos apropiados. [4] Una vez que un taxón de Candidatus se ha cultivado con éxito, el nombre debe eliminarse de esta lista y debe proponerse un nuevo nombre de acuerdo con el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas . [ cita requerida ]
Aunque la propuesta de 1994 y el Código posterior exigen que se mantenga una Lista de Candidatus , el trabajo de curación de nombres no comenzó hasta 2017, cuando se publicó un ensayo "No. 0". El autor descubrió que 120 de los ~400 nombres recopilados infringirían el Código si se propusieran formalmente. Las razones comunes son errores latinos, nombres duplicados y nombres no latinos. Como resultado, las Listas de Candidatus ahora también ofrecen correcciones para dichos nombres. Los nombres corregidos se dan corrig. (para corrigendum ) en el campo de autoridad, [7] con algunas fuentes que van más allá para citar la corrección (por ejemplo, " Ca. Karelsulcia " corrig. Moran et al. 2005 en Ogen et al. 2020). [8] Cada lista publicada, comenzando por el n.º 1, cubre todos los nombres de Candidatus conocidos propuestos en un período de tiempo determinado, más cualquier adenda para períodos anteriores. [7] A partir de diciembre de 2022 [actualizar], la última es la Lista Candidatus No. 4 , publicada en noviembre de 2022, que cubre los nombres propuestos en 2021. [9] En 2023 se publicó una lista sin numerar para abordar los filos de Candidatus ; las futuras listas numeradas incluirán filos. [10]
El Código de nomenclatura de procariotas descritos a partir de datos de secuencias (SeqCode) de 2022 estandariza la publicación de nombres en un sistema separado del ICNP. En lugar de exigir un cultivo tipo, el SeqCode requiere un genoma de alta calidad como tipo nomenclatural , ofreciendo de hecho una vía para formalizar los nombres de Candidatus. Es producido por la Sociedad Internacional de Ecología Microbiana (ISME), que no está relacionada con el ICSP. [11] El SeqCode reconoce la prioridad de los nombres, incluidos los de Candidatus , publicados bajo el ICNP antes de 2023. [12]
El equipo de SeqCode inicialmente deseaba simplemente modificar la ICNP para añadir dicho sistema, pero la ICSP rechazó la petición, requiriendo la creación de un código separado. [11]
Existen varias razones por las que muchas especies procariotas no crecen en el laboratorio, muchas de las cuales siguen siendo poco conocidas. Una de estas razones es el entorno del que se extraen las especies, que puede ser difícil de simular en condiciones de laboratorio. Muchos procariotas tienen requisitos de crecimiento muy específicos, incluida la necesidad de una composición de nutrientes específica, condiciones de pH específicas, temperaturas, presión atmosférica o niveles de oxígeno. [13] La mayoría de los medios de crecimiento y protocolos de incubación disponibles comercialmente no cumplían con estos requisitos, por lo que era necesaria una evaluación integral del hábitat para aislar con éxito las bacterias de interés de las muestras ambientales. [ cita requerida ]
La mayoría de las especies procariotas no viven solas, sino en comunidades complejas con otras especies de todos los reinos de la vida. Como consecuencia, muchas especies dependen de metabolitos o compuestos de señalización de sus especies vecinas para su propio crecimiento celular. La identificación de las sustancias necesarias puede ser un desafío, pero una vez identificadas, se puede utilizar un cocultivo o la adición del compuesto específico para cultivar potencialmente la especie de interés.
Muchos casos de interacción entre especies son de naturaleza simbiótica , que se define como una relación íntima y de largo plazo entre dos o más especies que puede ser mutualista, neutral o dañina. [14] Dependiendo de la ubicación del simbionte, los simbiontes pueden ser ectosimbiontes o endosimbiontes . Se ha observado una reducción drástica del genoma a través de la eliminación de genes en bacterias endosimbióticas, lo que se cree que se debe a que muchos genes se vuelven innecesarios en el entorno del huésped protegido. Esto afecta con frecuencia a los genes de reparación del ADN y regulación transcripcional , lo que dificulta el cultivo de estos organismos fuera de su huésped. [14]
