La Tercera División 1946-47 fue la undécima edición de la tercera división nacional española.
Participaron 120 clubes en 12 grupos geográficos de 10. El ganador y el segundo clasificado de cada grupo (24 equipos) pasaron a la segunda fase (Fase Intermedia). En la segunda fase se formaron 3 grupos de 8 equipos y cada club jugó partidos de ida y vuelta (14 partidos cada uno). Los ganadores y los segundos clasificados (6 equipos) accedieron a la Fase Final y jugaron partidos de ida y vuelta entre ellos (10 partidos cada uno). El ganador y el segundo clasificado de la Fase Final ascendieron a Segunda División, y el equipo que quedó en tercer lugar jugó una eliminatoria de ascenso/descenso contra el equipo que quedó en 12º lugar de Segunda División.
Nota: Albacete y Cultural Leonesa fueron eliminados de la competición tras ser declarados culpables de amaño de partidos. [1]